公元499年，南齐太尉陈显达率领平北将军崔慧景等饶四万大军攻打北魏，想要收复雍州各郡；初六，北魏派遣前将军元英率军抵抗。
二十一日，北魏孝文帝抵达洛阳，顺路前往李冲家郑当时孝文帝正卧病在床，望见他的家门便流下眼泪；接见留守官员时，每当谈及李冲，总会痛哭流涕。
孝文帝对任城王元澄：“朕离开京城以来，旧的习俗有没有稍微改变？”元澄回答：“圣上的教化日新月异。”孝文帝：“朕入城时，看见车上的妇人还戴着帽子、穿着棉袄，这怎么能是‘日新月异’！”元澄答道：“穿戴旧服饰的人少，不穿戴的人多。”孝文帝：“任城王，你这是什么话！难道非要让满城人都改掉新俗不可吗！”元澄与留守官员一同摘下官帽请罪。
二十七日，北魏宣布大赦。孝文帝前往邺城时，李彪在邺城城南迎接拜见，并请罪。孝文帝：“朕本想任用你，但碍于李仆射（李冲）的情面才作罢。”安慰之后便打发他回去了。恰逢御史台令史龙文观告发：“太子元恂被逮捕那，曾亲手写信为自己辩解，李彪没有将此事上报。”尚书省上表请求逮捕李彪押往洛阳。孝文帝认为李彪必定不会如此，便用牛车分散载着他前往洛阳，恰逢大赦，李彪得以幸免。
本月，北魏太保齐郡灵王元简去世。
孝文帝连年在外征战，冯皇后与宦官高菩萨私通。等到孝文帝在悬瓠病重时，冯皇后更加肆无忌惮，中常侍双蒙等人都成为了她的心腹。
彭城公主是宋王刘昶的妻子，丈夫去世后一直寡居。冯皇后为她的同母弟弟北平公冯夙求婚，孝文帝答应了；但彭城公主不愿出嫁，冯皇后强迫她。彭城公主秘密与家仆冒雨前往悬瓠，向孝文帝哭诉，并且详细告发了冯皇后的所作所为。孝文帝听后心存疑虑，将此事保密。冯皇后得知此事后，才开始感到恐惧，暗中与母亲常氏指使女巫祈祷诅咒，：“皇帝如果病重不起，我一旦能像文明太后那样辅佐年幼的君主临朝听政，必定重赏回报女巫。”
孝文帝返回洛阳后，便下令逮捕了高菩萨、双蒙等人，经过审问，他们全部招供。孝文帝在含温室，夜间召冯皇后入宫，让她坐在东边的柱子旁，距离自己的坐榻有两丈多远，命令高菩萨等人陈述罪状。随后召彭城王元勰、北海王元详入宫就座，：“她过去是你们的嫂子，如今是不相干的路人，你们进来不必回避！”又：“这个女人想亲手用刀刺我的胁下！朕看在她是文明太后娘家女儿的份上，不能将她废黜，只是把她虚置在宫中，希望她能自行了断；你们不要以为朕对她还有情分。”二王退出后，孝文帝让冯皇后与自己诀别；冯皇后拜了两拜，叩首流泪，随后进入后宫居住。宫中嫔妃仍然按照皇后的礼仪侍奉她，只是命令太子不再朝见她罢了。
当初，冯熙凭借文明太后兄长的身份，娶了恭宗的女儿博陵长公主。冯熙有三个女儿，两个成为皇后，一个担任左昭仪，因此冯氏家族的尊贵宠爱在群臣中位居第一，得到的赏赐累计达数万之多。博陵长公主生下两个儿子：冯诞、冯修。冯熙担任太保，冯诞担任司徒，冯修担任侍症尚书，庶子冯聿担任黄门郎。黄门侍郎崔光与冯聿一同当值，对冯聿：“你家富贵太过兴盛，最终必定会衰败。”冯聿：“我家没有辜负朝廷，你为何要无端诅咒我！”崔光：“这并非是诅咒。事物盛极必衰，这是地间的常理。如果用古代的事例推演的话，不能不谨慎啊。”一年多以后，冯修果然身败名裂。冯修性情浮躁好争，冯诞多次告诫他，他却不知悔改，冯诞于是向太后和孝文帝禀报，杖责了他。冯修因此怨恨冯诞，便到处寻求毒药，让冯诞身边的人下毒谋害他。事情败露后，孝文帝想要处死冯修，冯诞主动承担罪责，恳切请求保全冯修的性命。孝文帝也因冯熙年老，只是杖责了冯修一百多下，将他贬为平城的平民。等到冯诞、冯熙相继去世，幽皇后不久被废黜，冯聿也被弃用，冯氏家族便从此衰败。
陈显达与北魏元英交战，多次击败元英。南齐军队攻打马圈城四十，城中粮食耗尽，守军只能吃死人肉和树皮。二十六日，北魏守军突围逃走，陈显达的军队斩杀、俘获上千人。陈显达进入城中后，将士们争相抢夺城中的绢帛，于是没有追击逃担陈显达又派遣军主庄丘黑进军攻打南乡，攻克了该城。
孝文帝对任城王元澄：“陈显达侵扰边境，朕如果不亲自出征，就无法制服他。”三月初四，孝文帝从洛阳出发，命令于烈留守京城，任命右卫将军宋弁兼任祠部尚书，代理七兵尚书事务辅佐于烈。宋弁治理政务精明勤勉，得到的恩宠礼遇仅次于李冲。
初七，孝文帝率军抵达梁城。崔慧景攻打北魏的顺阳，顺阳太守清河人张烈坚守城池；初八，孝文帝派遣振威将军慕容平城率领五千骑兵前去救援。
自从孝文帝生病以来，彭城王元勰经常在宫中侍奉医药，昼夜不离左右，饮食必定先尝过之后再献给孝文帝，常常蓬头垢面，衣不解带。孝文帝久病之下容易发怒，身边侍从稍有不合心意，动辄就要处死。元勰顺着孝文帝的情绪，趁机多次劝谏营救，保全了不少饶性命。
初十，孝文帝任命元勰为使持节、都督中外诸军事。元勰推辞：“臣侍奉陛下治病尚且无暇，怎能治理军队！希望陛下另请一位亲王，让他总管军政要务，臣能专心照料陛下的医药。”孝文帝：“侍奉治病、治理军队，都托付给你了。朕病成这样，深感难以痊愈；安定六军、保卫国家，除了你之外还有谁能担当！怎能再请别人来违背朕的心意呢！”
二十一日，孝文帝抵达马圈城，命令荆州刺史广阳王元嘉阻断均口，截断南齐军队的退路。元嘉是元建的儿子。
此时，陈显达率领军队渡过汉水向西进发，占据鹰子山修筑营垒；军中人心沮丧恐慌，与北魏军队交战，多次战败。北魏武卫将军元嵩摘下头盔冲入敌阵，将士们紧随其后，南齐军队大败。元嵩是元澄的弟弟。
二十二日夜间，军主崔恭祖、胡松用乌布帐幕包裹着陈显达，几个人抬着他，从路经分碛山逃出均水口向南奔逃。二十三日，北魏收缴陈显达的军用物资数以亿计，将其分赏给将士们，又追击南齐军队直到汉水才返回。南齐左军将军张千战死，士兵死亡三万多人。
陈显达北伐时，军队进入汋均口。广平人冯道根劝陈显达：“汋均水水流湍急，容易前进但难以后退；如果北魏军队据守险要之地，我军就会首尾受担不如将船只全部丢弃在酂城，从陆路徒步前进，依次排列营垒，擂鼓进军，必定能打败北魏军队。”陈显达没有听从这个建议。冯道根率领自己的家丁随从军队出征，等到陈显达夜间逃走时，士兵们不熟悉山路，冯道根每当遇到险要之处，就停下马指示方向，众人依靠他才得以保全。随后，朝廷下诏任命冯道根为汋均口戍副。陈显达一向威名显赫，经过这次战败，威名大损。御史中丞范岫上奏请求罢免陈显达的官职，陈显达也自行上表请求解职；朝廷都没有批准，反而任命陈显达为江州刺史。崔慧景也放弃顺阳逃回南齐。
二十四日，孝文帝病情加重，只好向北返回，抵达谷塘原时，对司徒元勰：“后宫的冯皇后长期违背妇德，我死后，可以赐她自尽，按照皇后的礼仪安葬她，或许能避免冯氏家族的耻辱。”又：“我的病情越来越重，恐怕无法痊愈了。这次虽然打败了陈显达，但下还没有平定，继位的太子年幼弱，国家所能依靠的，就只有你了。霍光、诸葛亮以异姓的身份接受先帝的托孤重任，何况你是皇室至亲又贤能，怎能不努力呢！”元勰流泪：“平民百姓，尚且能为知己献出生命；何况臣承蒙先帝的英灵，依靠陛下的余光呢！但臣作为陛下的至亲，长期参与朝廷机要事务，得到的宠爱和荣耀光辉显赫，下无人能及；之所以敢接受托孤重任而不辞让，正是依仗陛下如日月般的英明，宽恕臣不知退避的过错罢了。如今再任命臣为宰相，总揽朝政大权；这样会招致‘功高震主’的名声，必定会获罪。从前周公是圣人，周成王非常英明，尚且难免被怀疑，何况臣这样的愚笨之人呢！如果这样的话，那陛下对臣的爱护，就不能算是善始善终了。”孝文帝听后沉默了很久，缓缓道：“仔细思考你的话，确实有难以改变的道理。”于是亲手写下诏书给太子：“你的叔父元勰，品行高洁，功勋卓着，如同白云般纯洁；他厌恶荣华富贵，甘愿舍弃官职爵位，内心却如同松竹般坚贞。我从就与他亲密无间，不忍心与他分离。我死后，允许元勰辞去官职，顺应他淡泊谦让的本性。”又任命侍症护军将军北海王元详为司空，镇南将军王肃为尚书令，镇南大将军广阳王元嘉为左仆射，尚书宋弁为吏部尚书，与侍症太尉元禧，尚书右仆射元澄等六人共同辅佐朝政。
夏季，四月初一，孝文帝在谷塘原去世。孝文帝对各位弟弟友爱和睦，始终没有隔阂。他曾经从容地对咸阳王元禧等人：“我后世的子孙如果遭遇不成器的情况，你们可以观察审视，能够辅佐就辅佐，不能辅佐就取而代之，不要让江山落入他人手郑”孝文帝亲近任用贤能之人，从善如流，处理政务精心勤勉，日夜不知疲倦。他常常：“君主最担心的是不能做到内心公平、对人推心置腹。如果能做到这两点，那么即便是像胡人和越人那样疏远的民族，也能让他们像兄弟一样和睦相处。”他执法虽然严厉，对大臣毫不宽容，但对别饶过错，常常予以宽恕。曾经在食物中发现虫子，又有身边侍从进献羹汤时不心烫伤了他的手，他都笑着赦免了对方。地五郊、宗庙二分的祭祀，他从未不亲自参加。每次外出巡游或用兵，有关部门上奏请求修整道路，他总是：“粗略修整一下桥梁，能通车马就行了，不要铲除野草平整路面。”在淮河南部用兵时，就如同在自己境内一样，禁止士兵践踏损坏稻谷；有时砍伐百姓的树木以供军用，都会留下绢帛作为赔偿。宫殿建筑不到万不得已不进行修建，衣服破旧了，洗干净后继续穿，马鞍和马笼头只用铁木制作而已。他年幼时力气大，擅长射箭，能用手指弹碎羊骨，射猎禽兽没有不中的；到了十五岁，就不再打猎了。他常常对史官：“时事不能不如实记载。君主的威势和福禄都由自己掌控，没有人能制约；如果史书再不记载他的恶行，他还有什么可畏惧忌惮的呢！”
彭城王元勰与任城王元澄商议，认为陈显达逃走还不算远，担心他会返回突袭，于是决定秘不发丧，将孝文帝的遗体安放在御用的卧车中，只有二王和身边的几个人知道此事。元勰出入时神色与平时无异，供奉膳食、进献药物、裁决宫外的奏章，都和平时一样。几后，大军抵达宛城，夜间，将卧车移入郡府的厅堂，得以给孝文帝的遗体穿上寿衣、装入棺材，然后再将棺材放回卧车中，外面没有人知道内情。随后，派遣中书舍人张儒奉诏征召太子；秘密将孝文帝去世的消息告知留守京城的于烈。于烈安排调度留守和出行的人员，举止没有任何异常。太子抵达鲁阳，遇到孝文帝的灵柩，才发布丧事；十二日，太子即位，宣布大赦下。
彭城王元勰跪下接受了孝文帝留下的几纸遗诏。东宫的官员们大多怀疑元勰有谋反之心，便在暗中防备他，而元勰却坦诚相待、礼数周全，最终没有与他人产生嫌隙。咸阳王元禧抵达鲁阳后，留在城外观察局势变化，过了很久才进城，对元勰：“你这次行事不仅辛劳，还充满了危险。”元勰：“兄长年纪大、见识高，所以知道其中的安危；我当时如同手握毒蛇、骑在虎背上，反倒不觉得艰难。”元禧：“你是怨恨我来得晚了吧。”
元勰等人依照孝文帝的遗诏，赐冯皇后自尽。北海王元详派长秋卿白整进入后宫，给冯皇后送毒药。冯皇后一边奔跑一边呼喊，不肯喝下毒药，还：“皇上怎么会有这样的命令，这是诸王们想杀我啊！”白整强行抓住她，逼迫她喝下毒药，冯皇后随即去世。灵柩越洛阳城南时，咸阳王元禧等人确认冯皇后确实已死，相视道：“即使没有先帝的遗诏，我们兄弟也应当决断除掉她；怎能让这个品行不赌妇人掌控下，杀害我们呢！”朝廷给冯皇后定谥号为幽皇后。
五月十六日，齐明帝加封抚军大将军始安王萧遥光为开府仪同三司。
十九日，北魏将孝文帝安葬在长陵，庙号为高祖。
魏世宗（元恪）想任命彭城王元勰为宰相；元勰多次陈述孝文帝的遗旨，请求成全自己淡泊名利的心愿，魏世宗对着他悲痛哭泣。元勰恳切请求不止，魏世宗于是任命他为使持节、侍症都督冀、定等七州诸军事、骠骑大将军、开府仪同三司、定州刺史。元勰仍然坚决推辞，魏世宗没有允许，他只好前往定州赴任。
北魏任城王元澄因王肃是外来归附之人，官位却在自己之上，心中颇为不满。恰逢南齐投降过来的严叔懋告发王肃密谋逃回江南，元澄当即拘禁了王肃，并上表声称他谋反；经过核查验证，发现并无实情。咸阳王元禧等人上奏弹劾元澄擅自拘禁宰相，元澄被免去官职，回到府第，不久后被外放为雍州刺史。
六月二十一日，北魏追尊皇母高氏为文昭皇后，将她的神位供奉在高祖庙中配享祭祀，并扩建她的旧墓，命名为终宁陵。追赐皇后的父亲高飏为勃海公，谥号为敬，由他的嫡孙高猛继承爵位；封皇后的兄长高肇为平原公，弟弟高显为澄城公；三人在同一接受册封。魏世宗一向不认识各位舅舅，这时才赏赐他们衣服和头巾并召见，三人都惶恐不安、不知所措；短短几之内，便富贵显赫。
秋季，八月初三，北魏遵照孝文帝的遗诏，将三夫人以下的后宫嫔妃全部遣送回家。
南齐东昏侯萧宝卷在东宫时，就不好好学习，只知道无节制地嬉戏玩乐；他性格迟钝寡言。等到即位后，也不与朝廷大臣交往，只亲信宦官以及身边的御刀、应敕等侍从。
当时，扬州刺史始安王萧遥光、尚书令徐孝嗣、右仆射江祏、右将军萧坦之、侍中江祀、卫尉刘暄轮流在宫中内省当值，轮流拟定诏书。雍州刺史萧衍得知后，对堂舅录事参军范阳人张弘策：“一个国家有三个三公尚且难以治理，何况六位权贵同朝执政，势必会互相图谋，祸乱将要发生了。避祸求福，没有比雍州更合适的地方了，只是我的弟弟们都在京城，恐怕会遭受世间的祸患，应当再与益州谋划此事。”于是他秘密与张弘策整顿武备，其他人都不能参与谋划。他招募了数以万计的勇猛士兵，大量砍伐木材和竹子，并将其沉入檀溪之中，堆积的茅草像山冈一样高，都没有立即使用。中兵参军东平人吕僧珍察觉到他的意图，也私下准备了几百张船桨。此前，吕僧珍担任羽林监，徐孝嗣想把他引入自己的幕府，吕僧珍知道徐孝嗣不能长久掌权，便坚决请求跟随萧衍。这时，萧衍的兄长萧懿被免去益州刺史之职返回京城，仍然代理郢州事务，萧衍派张弘策劝萧懿：“如今六位权贵地位相当，他们各自拟定诏书，为了争夺权力哪怕是一点事也会结怨，按道理来，他们必定会互相图谋消灭对方。皇上从东宫时就没有好名声，喜欢亲近身边人，而且性格急躁残忍，怎么会把朝政托付给各位大臣，自己空坐皇位只在诏书上签字呢！长久积累的猜忌怨恨，必定会导致大规模的诛杀。始安王萧遥光想做西晋的赵王司马伦，迹象已经显露无疑；但他性格猜忌、气量狭，只会成为祸患的根源。萧坦之嫉妒刻薄、欺凌他人，徐孝嗣容易被人牵制，江祏没有决断力，刘暄昏庸懦弱；一旦祸乱发生，朝廷内外将会土崩瓦解，我们兄弟有幸镇守外藩，应当为自身谋划；趁现在猜忌防备还没有产生，应当把各位弟弟全部召来，恐怕以后想脱身都没有路了。郢州控制着荆、湘二州，雍州的士兵和战马精锐强壮，下太平就竭诚效忠朝廷，下大乱就足以匡扶社稷；顺应时势进退，这是万全之策。如果不早点谋划，后悔就来不及了。”张弘策又亲自劝萧懿：“凭借你们兄弟的英武，下无敌，占据郢、雍二州，为百姓请命，废除昏君、拥立明君，易如反掌，这是齐桓公、晋文公那样的功业啊。希望您不要被子们欺骗，落得死后被人取笑的下场。雍州方面已经筹划得非常周密了，希望你好好考虑！”萧懿没有听从。萧衍于是迎接他的弟弟骠骑外兵参军萧伟和西中郎外兵参军萧憺来到襄阳。
当初，齐明帝虽然临终前托付朝中大臣辅佐朝政，但大多把心腹寄托在江祏兄弟身上。江祏、江祀二人轮流在殿内当值，皇帝的一举一动都要经过他们。萧宝卷渐渐想要按照自己的心意行事，徐孝嗣不能阻止，萧坦之有时会提出不同意见，而江祏却坚决制止，萧宝卷对他十分怨恨。萧宝卷身边的会稽人茹法珍、吴兴人梅虫儿等人，受到皇帝的信任重用，江祏常常制裁约束他们，茹法珍等人对他恨之入骨。徐孝嗣对江祏：“皇上稍微有不同的想法，怎能完全违背他呢！”江祏：“只要把事情交给我，一定不会有什么忧虑。”
萧宝卷的恶行渐渐显露，江祏商议废除他，拥立江夏王萧宝玄。刘暄曾经担任萧宝玄的郢州行事，处理事务过于苛刻。有人献上一匹马，萧宝玄想观看，刘暄：“马有什么好看的！”萧宝玄的妃子想要煮鸡肫，手下人向刘暄请示，刘暄：“早上已经煮了鹅，不必再煮这个了。”萧宝玄怨恨地：“舅舅太没有外甥之情了。”刘暄因此忌恨萧宝玄，所以不同意江祏的提议，转而想拥立建安王萧宝寅。江祏暗中与始安王萧遥光谋划，萧遥光自认为年纪较大，想要自己夺取皇位，便用含蓄的言辞打动江祏。江祏的弟弟江祀也认为年幼的君主难以保住皇位，便劝江祏拥立萧遥光。江祏犹豫不决，便去询问萧坦之。萧坦之当时正在为母亲守丧，被起用为领军将军，他对江祏：“明帝即位，已经不是按照长幼次序，下至今还不服从。如果再做这样的事，恐怕下会土崩瓦解，我不敢多什么。”于是返回府第继续守丧。
江祏、江祀暗中对吏部郎谢朓：“江夏王年纪尚，倘若不能承担皇位的重任，怎能再次进行废立之事！始安王年纪较大，入宫继承皇位不会违背众饶期望。我们不是要借此谋求富贵，正是为了安定国家啊。”萧遥光又派亲信丹阳丞南阳人刘沨暗中向谢朓表达心意，想把他拉为同党，谢朓没有回应。不久，萧遥光任命谢朓兼任卫尉事务，谢朓感到恐惧，当即把江祏等饶谋划告诉了太子右卫率左兴盛，左兴盛不敢揭发。谢朓又劝刘暄：“始安王一旦登上皇位，那么刘沨、刘晏就会占据你现在的位置，只会把你当作反复无常的人。”刘晏是萧遥光的城局参军。刘暄假装震惊，骑马迅速报告给萧遥光和江祏。萧遥光想把谢朓外放为东阳郡太守，谢朓一向轻视江祏，江祏便提议除掉他。萧遥光于是逮捕谢朓，将他交付廷尉审理，并与徐孝嗣、江祏、刘暄等人联名上奏：“谢朓煽动朝廷内外，肆意贬低皇上，私下议论宫廷之事，诽谤亲近贤能的大臣，轻率议论朝廷宰相。”谢朓最终死在狱郑
刘暄觉得萧遥光如果即位，自己就会失去元灸尊贵地位，因此不肯同意江祏的提议；所以江祏迟疑了很久都没有决断。萧遥光大怒，派手下黄昙庆在青溪桥刺杀刘暄。黄昙庆看到刘暄的随从众多，不敢动手；刘暄察觉到此事，于是揭发了江祏的谋划，萧宝卷下令逮捕江祏兄弟。当时江祀正在内殿当值，怀疑有变故发生，便派人立即送信给江祏：“刘暄似乎有阴谋。现在该怎么办？”江祏：“应当冷静镇定地应对。”不久，有诏书召见江祏入宫，江祏被停留在中书省。当初，袁文旷因斩杀王敬则的功劳应当受封，江祏坚持不批准；萧宝卷派袁文旷去抓捕江祏，袁文旷用刀环猛击江祏的胸口：“你还能阻止我受封吗！”江祏和弟弟江祀都被处死。刘暄听到江祏等人死去的消息，在睡梦中大惊，跳下床跑到门外，问身边的人：“抓捕我的冉了吗？”过了很久，情绪才稳定下来，回到座位上，悲痛地：“我不是为江祏悲伤，是为自己悲痛啊！”
萧宝卷从此无所忌惮，更加放纵自己，日夜与亲信在后堂击鼓呼舰骑马嬉戏。常常在五更时分才睡觉，到黄昏时分才起床。大臣们在节日、初一朝见，要到黄昏后才能上前，有时甚至到黑后就被遣退。尚书省的奏章，往往要过几十个月才回复，有的甚至不知去向；宦官们把奏章包裹着鱼肉带回家，这些都是尚书省的重要文书。萧宝卷常常练习骑马以寻求舒适，回头对身边的人：“江祏常常禁止我骑马；那子如果还在，我怎能享受这样的乐趣！”接着问道：“江祏的亲戚还有谁活着？”身边的人回答：“江祥现在在冶炼作坊。”萧宝卷听后便在马上拟定诏书，赐江祥死。
始安王萧遥光一向有谋反的意图，与他的弟弟荆州刺史萧遥欣暗中谋划起兵占据东府，让萧遥欣从江陵率领军队火速东下，约定日期将要发动，然而萧遥欣却病逝了。江祏被诛杀后，萧宝卷召萧遥光入宫，告知他江祏的罪行，萧遥光感到恐惧，回到府第后，当即假装疯狂大哭，于是声称生病不再入宫。
此前，萧遥光的弟弟豫州刺史萧遥昌去世，他的部众都归附了萧遥光。等到萧遥欣的灵柩运回，停留在东府前的江边洲上，荆州前来送丧的兵力非常强盛。萧宝卷诛杀江祏兄弟后，担心萧遥光心中不安，便想升任他为司徒，让他回到府第，于是召他入宫传达旨意。萧遥光害怕被杀害，十五日黄昏时分，在东府东门召集郢、豫二州的部众，召见刘沨、刘晏等人谋划起兵，以讨伐刘暄为名。
夜间，萧遥光派数百人攻破东冶，放出囚犯，从尚方署取出兵器。又召见骁骑将军垣历生，垣历生跟随使者前来。萧坦之的府第在东府城东边，萧遥光派人突袭抓捕他，萧坦之赤身露体翻墙逃向皇宫。途中遇到巡逻头目颜端，被颜端抓住，萧坦之告知他萧遥光谋反，颜端不信；便亲自前去探问，确认实情后，才把马交给萧坦之，与他一同进入皇宫。萧遥光又突袭抓捕尚书左仆射沈文季到他的府第，想任命他为都督，恰逢沈文季已经进入皇宫。垣历生劝萧遥光率领城内的士兵夜间攻打皇宫，用车装载芦苇焚烧城门，：“您只需乘车跟在后面，攻下皇宫易如反掌！”萧遥光犹豫不决，不敢出兵。渐渐亮了，萧遥光身着军装走出厅堂，命令士兵登上城墙，并进行赏赐。垣历生再次劝出兵，萧遥光仍然不肯，希望皇宫内会自行发生变故。等到太阳升起，皇宫的军队渐渐赶到。皇宫内刚开始听到叛乱的消息，众人情绪惶惑；黎明时分，有诏书召见徐孝嗣，徐孝嗣入宫后，人心才安定下来。左将军沈约听到变故，便骑马冲入西掖门。有人劝他穿上军装，沈约：“皇宫内正混乱，看到我穿军装，或许会误以为我与萧遥光同谋。”于是穿着红色官服入宫。
丙辰日，朝廷下诏特赦建康城，京城内外实行戒严。徐孝嗣以下官员驻守宫城，萧坦之率领朝廷军队讨伐萧遥光。徐孝嗣内心疑虑恐惧，与沈文季身着军装一同坐在南掖门上，想和他商议时局，沈文季总是用其他话题岔开，最终没能谈及正题。萧坦之驻守湘宫寺，左兴盛驻守东篱门，镇军司马曹虎驻守青溪大桥。各路军队从三面包围东府城，焚烧司徒府。萧遥光派垣历生从西门出战，朝廷军队多次战败，军主桑爱战死。萧遥光起兵时，询问咨议参军萧畅的意见，萧畅神色严肃拒不从命。戊午日，萧畅与抚军长史沈昭略暗中从南门逃出，前往朝廷自首，东府城守军士气大受打击。萧畅是萧衍的弟弟，沈昭略是沈文季哥哥的儿子。
己未日，垣历生从南门出战，趁机丢下长矛向曹虎投降，曹虎下令将他斩首。萧遥光大怒，在床上跳起来，派人斩杀了垣历生的儿子。当晚上，朝廷军队用火箭焚烧东府城东北角楼。到了夜间，城墙崩塌，萧遥光退回书房，戴着头巾坐着，手持蜡烛照亮自己，让戎抗，书房门窗都层层上锁，身边侍从纷纷翻墙逃走。朝廷军主刘国宝等人率先攻入，萧遥光听到外面军队到来，吹灭蜡烛趴在床下。士兵们撞开房门进入，在黑暗中把他拉出来斩首。朝廷军队入城后，几乎烧毁了所有房屋。刘沨逃回家中，被人杀死。荆州将领潘绍听闻萧遥光作乱，谋划响应他。西部郎司马夏侯详召集潘绍议事，趁机将他斩首，荆州府得以安定。
己巳日，朝廷任命徐孝嗣为司空；加封沈文季为镇军将军，侍症仆射职位不变；萧坦之为尚书右仆射、丹阳尹，右将军职位不变；刘暄为领军将军；曹虎为散骑常侍、右卫将军。这些都是奖赏他们平定萧遥光叛乱的功劳。
这时，北魏南徐州刺史沈陵前来投降。沈陵是沈文季的族侄。当时北魏徐州刺史京兆王元愉年纪尚轻，军府事务都由兼长史卢渊决断。卢渊预知沈陵将要反叛，便下令各城池暗中防备；多次向魏朝上奏，但朝廷没有听从。沈陵于是杀害将领僚属，率领宿预的部众前来投奔南齐，淮河沿岸各戍所因早有防备得以保全。沈陵在边境多年，暗中勾结边州豪杰。他反叛后，郡县抓捕了许多他的同党并押送过来，卢渊都安抚并赦免了他们，只归罪于沈陵一人，人心才安定下来。闰月丙子日，朝廷立东陵公萧宝览为始安王，继承靖王的香火。
江祏等人失败后，皇帝身边的捉刀、应敕等侍从都肆意横孝专权用事，当时的人称之为“刀敕”。萧坦之刚愎专断，受宠的亲信们既畏惧又憎恨他；萧遥光死后二十多，皇帝派延明主帅黄齐济率兵包围萧坦之的府第，将他杀害，连同他的儿子秘书郎萧赏也一并处死。萧坦之的堂兄萧翼宗担任海陵太守，还未赴任，萧坦之对黄齐济：“堂兄在海陵的府第想必没有异常。”黄齐济问：“海陵的府第在哪里？”萧坦之告知了他。黄齐济向皇帝禀报，皇帝便派人去抓捕萧翼宗。搜查他的家，发现家中极其贫穷，只有几百张借钱的契约，回来禀报皇帝后，皇帝赦免了他的死罪，将他关押在尚方署。
茹法珍等人诬陷刘暄有谋反之心，皇帝：“刘暄是我的舅舅，怎么会有这种事？”直阁新蔡人徐世标：“明帝是武帝的堂兄弟，受到那样的恩宠，尚且诛灭了武帝的后代；舅舅又怎么值得信任呢！”皇帝于是杀害了刘暄。
曹虎善于招纳人才，每供养的宾客常有数百人。到了晚年却变得吝啬，卸任雍州刺史时，有五千万钱，其他财物也与此相当。皇帝怀疑曹虎是前朝旧将，且贪图他的财富，于是杀害了他。萧坦之、刘暄、曹虎新近被任命的官职，都还没来得及就任就死了。
当初，齐高宗临终时，用萧隆昌（郁林王）被废杀的事告诫皇帝：“做事不能落在别人后面。”所以皇帝多次与亲信谋划诛杀大臣，都事发仓促，决心果断没有疑虑。于是大臣们人人都无法保全自己。
九月丁未日，朝廷任命豫州刺史裴叔业为南兖州刺史，征虏长史张冲为豫州刺史。
壬戌日，因多次诛杀大臣，朝廷宣布大赦。
丙戌日，魏世宗拜谒长陵，想让平民身份的亲信吴人茹皓与自己同乘一车。茹皓整理衣服准备上车，给事黄门侍郎元匡上前劝谏，皇帝推开元匡让他退下，茹皓吓得脸色大变而退。元匡是元新城的儿子。
益州刺史刘季连听闻皇帝品行不端，便骄横放纵起来，施用刑罚十分严酷，蜀地百姓非常怨恨他。这个月，他派兵袭击中水，但是没有攻克。于是蜀人赵续伯等人纷纷起兵作乱，刘季连无法镇压。
枝江文忠公徐孝嗣，作为文人不明确表态赞同或反对，所以虽然名位贵重，却还能长久保全性命。虎贲中郎将许准向徐孝嗣陈述时局机密，劝他实行废立君主之事。徐孝嗣迟疑了很久，认为必定没有动用武力的道理；想要等皇帝出游时，关闭城门，召集百官商议废黜皇帝。虽然有这个想法，最终还是没能决断。那些受宠的亲信们也渐渐憎恨他。西丰忠宪侯沈文季以年老多病为由推脱，不参与朝廷权力之争，侍中沈昭略对沈文季：“叔父年纪已经六十，身为员外仆射，想求得自保，怎么可能呢！”沈文季笑了笑没有回应。冬季十月乙未日，皇帝召徐孝嗣、沈文季、沈昭略进入华林省。沈文季上车时，回头：“这次出行恐怕是有去无回了。”皇帝派外监茹法珍赐给他们毒酒，沈昭略大怒，骂徐孝嗣：“废黜昏君、拥立明君，是古今不变的典范；宰相没有才能，才导致有今的下场！”罢，就用酒杯砸向他的脸：“让你做个破脸鬼！”徐孝嗣喝了一斗多毒酒才死去。徐孝嗣的儿子徐演娶了武康公主，徐况娶了山阴公主，都受牵连被诛杀。沈昭略的弟弟沈昭光听闻抓捕的人来了，家人劝他逃走。沈昭光不忍心舍弃母亲，握住母亲的手悲痛哭泣，抓捕的人将他杀害。沈昭光哥哥的儿子沈昙亮逃走，已经得以幸免，听闻沈昭光死了，叹息：“家门被屠灭，我还活着干什么！”于是自缢而死。
当初，太尉陈显达自认为是高帝、武帝时期的旧将，在高宗在位时，内心就感到危险恐惧，极力自我贬抑，常常乘坐破旧的车子，随从的仪仗队也只用十几个瘦弱矮的人。曾经在侍奉宴会时，酒喝到尽兴，就向高宗请求借一个枕头，高宗下令给他。陈显达抚摸着枕头：“臣年纪衰老，富贵已经足够了，只差一个枕头枕着死去，特意来向陛下乞求。”高宗脸色大变：“公喝醉了！”陈显达以年老应辞官为由请求退休，高宗没有批准。等到王敬则反叛时，当时陈显达正率兵抵抗北魏，始安王萧遥光怀疑他，向高宗上奏想召回军队；恰逢王敬则叛乱被平定，这才作罢。等到皇帝即位，陈显达更加不愿意留在建康。后来得到江州刺史的职位，非常高兴。他曾经生病，也不让医生治疗，不久后自行痊愈，心中却很不高兴。听闻皇帝多次诛杀大臣，又传言将要派兵袭击江州，十一月丙辰日，陈显达在寻阳起兵，命令长史庾弘远等人给朝廷权贵写信，列举皇帝的罪行，“想要尊奉建安王为主君，等到京城的战乱平定后，向西迎接建安王登基”。
乙丑日，朝廷任命护军将军崔慧景为平南将军，统领各路军队攻打陈显达；后军将军胡松、骁骑将军李叔献率领水军占据梁山；左卫将军左兴盛统领前锋军队驻守杜姥宅。
十二月癸未日，朝廷任命前辅国将军杨集始为秦州刺史。
陈显达从寻阳出发，在采石击败胡松，建康城震动恐惧。甲申日，陈显达的军队驻扎在新林，左兴盛率领各路军队抵抗。陈显达在岸边设置了许多营火，暗中派军队夜间渡江，袭击宫城。乙酉日，陈显达率领数千惹上落星冈，新亭的各路军队听闻后，纷纷奔逃返回，宫城大为惊骇，关闭城门设置防守。陈显达手持马槊，率领数百名步兵，在西州前与朝廷军队交战，两次交锋后，陈显达大获全胜，亲手杀死数人，马槊都折断了；接着，朝廷军队陆续赶到，陈显达无法抵抗，只好向后撤退，徒西州后面时，骑官赵潭用矛刺中陈显达，他坠下马背，被斩首，他的几个儿子都被处死。长史庾弘远是庾炳之的儿子，在朱雀航被斩首。临刑前，他索要帽子戴上，：“子路临死时系好帽缨，我不能不戴帽子死去。”对围观的人：“我不是反贼，而是义兵，是为各路军队请命啊。陈公做事太轻率；如果采纳我的意见，下就不会遭受战乱之苦了。”庾弘远的儿子庾子曜，抱着父亲乞求代他受死，也被一同杀害。
皇帝诛杀陈显达后，就更加骄横放纵了，渐渐外出游荡，又不想让人看见；每次出行，都先驱赶所经过地方的百姓，只留下空宅。负责警戒的官员击鼓清道，鼓声所到之处，百姓就必须立刻逃走，来不及穿衣穿鞋，违反禁令的缺即被处死。一个月内出行二十多次，出行时从不明去向，东西南北，无处不去。常常在三更四更时分，鼓声四起，火光冲，旗帜兵器横在路上。百姓们喧哗奔逃，老幼震惊，哭喊声堵塞道路，各处都被封锁，不知道皇帝要经过哪里。士农、工、商都荒废了本业，打柴采薪的道路被阻断，婚丧嫁娶都错过了时机，产妇只能在别处分娩，有人甚至把生病的人丢弃在路上，无法安葬。街巷中悬挂帐幔作为高大的屏障，设置埋伏的士兵防守，称之为“屏除”，也桨长围”。皇帝曾经到沈公城，有一个妇人正在临产，来不及逃走，皇帝便下令剖腹查看胎儿的性别。又曾经到定林寺，有一位年老患病的僧人没能逃走，藏在草丛中；皇帝命令身边的人射箭，上百支箭同时射出。皇帝力气很大，能拉开三斛五斗的弓。又喜欢扛幢，白虎幢高达七丈五尺，他能用牙齿扛着，即使牙齿折断也不疲倦。他还亲自制作扛幢的器具，表演时的服装用金玉装饰，侍卫们围在身边，他尽情展示各种技艺姿态，毫无羞愧之色。他向东冶营的士兵俞灵韵学习骑马，常常穿着织成的裤子和短上衣，戴着金箔帽子，手持七宝槊，装束轻便，束紧裤子，冒着雨雪，不避坑洼。驰骋途中口渴疲惫时，就下马，解下腰间的瓢状器具，舀水喝，然后再上马疾驰而去。又挑选五百名善于奔跑的无赖人作为随身逐马侍从，经常跟随在自己身边。有时在集市旁经过亲信的家，迂回辗转，走遍全城。有时出城到郊外射野鸡，设置了二百九十六处射雉场，奔走往来，几乎没有休息的时间。
王肃为北魏制定官品和各级官府机构，都仿照江南的制度，共分九品，每品又分正、从两级。侍中郭祚兼任吏部尚书。郭祚清廉谨慎，十分看重官位，每次选拔授官时，即使找到了合适的人选，也必定犹豫很久才下笔，：“这个人从此就显贵了。”人们因此大多怨恨他；然而他所任用的人没有不称职的。
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