皇帝的旨意连同对有功人员的封赏名单，以八百里加急的速度送到了尚在台湾的郑芝龙和周鼎臣手郑郑芝龙因战功卓着，加封太子太保衔，赏赐极丰；周鼎臣办理军需、参与受降、协理民政有功，擢升为福建布政使司右参议，兼领台湾府首任知府；其余将士各有升赏。
圣旨明确设立台湾府，隶属福建布政使司，这标志着台湾正式被纳入大明的行政体系，而不再仅仅是军事占领区。
郑芝龙与周鼎臣不敢怠慢，立刻开始着手台湾府的筹建工作。首要任务，是搭建行政框架。暂时以赤嵌楼为府衙所在，下设户、礼、兵、刑、工等房，官吏一部分从随军文吏中选拔，一部分则由周鼎臣从福建紧急征调熟悉民政的官员前来充任。
然而，最大的难题在于人口和开发。荷兰人统治时期，岛上汉人移民虽有数万，但多集中在赤嵌、大员一带从事贸易和农耕，且备受压迫。广大内陆地区，仍是土着部落的下，部落之间关系复杂，与汉人移民也时有冲突。
“周大人，陛下旨意，招募大陆移民屯垦，此乃长久之计。然眼下，如何安抚现有汉民，处理与土着关系，乃是当务之急。”郑芝龙与周鼎臣商议道。军事上他是一把手，但民政方面，他充分尊重周鼎臣的意见。
周鼎臣指着刚刚初步绘制完成的台湾西部沿海草图，面色凝重：“郑军门所言极是。下官已派人初步统计，汉民多渴望恢复故土田园，可将其组织起来，清查被荷兰人强占或荒废之地，发放地契，鼓励垦殖。同时，设立军屯，令部分士卒且耕且守，既可减轻粮饷压力，亦可实边。”
他顿了顿，指向内陆山区：“至于土着各部，需区别对待。对于曾受荷兰人欺压、或与我汉民较为友善者，当遣使宣慰，赐以布帛、盐铁，确立朝贡关系，承认其自治，但要求其不得劫掠汉民村庄。对于桀骜不驯、曾与荷兰人勾结者……”他眼中闪过一丝厉色，“则需示以兵威，迫其臣服，至少令其不敢轻举妄动。”
郑芝龙点头表示同意：“正当如此。软硬兼施，方是王道。水师会加强对沿海的巡逻，防止荷兰人或海盗骚扰。陆上防务，需尽快修复热兰遮城……不，簇当更名，‘热兰遮’乃夷名，当弃之。陛下已有旨意，改称‘安平镇’，设游击将军驻守。赤嵌楼亦可作为一处要塞。”
两人又详细商议了开放安平港贸易的具体细则。如何吸引商船前来，如何设定关税，如何管理市场，防止走私，这些都是繁琐却至关重要的工作。
政策虽好，推行起来却阻力重重。
当周鼎臣派人开始清查土地时，立刻遇到了麻烦。一些在荷兰时期通过与殖民者勾结而占据大量土地的汉人“结首”（地方头人），千方百计地阻挠清查，隐瞒田亩，甚至煽动不明真相的移民，声称朝廷此举是要夺走他们的土地。
而当明军试图与内陆一些部落接触时，也并非都顺利。有的部落态度友好，愿意接受安抚；有的则充满警惕，闭寨不出；更有甚者，如位于嘉南平原一带的“大肚番”部分部落，自恃勇力，对明军的使者态度傲慢，声称“山地是我们的地，汉人勿入”。
这一日，郑芝龙与周鼎臣正在府衙处理公务，几名士着代表怒气冲冲地前来告状，声称有汉民越过传统界线，开垦了他们狩猎的土地，并发生了冲突，双方各有损伤。
几乎同时，也有汉民村长来报，称村中耕牛被士着所盗，请求官府做主。
郑芝龙与周鼎臣相视苦笑。光复的喜悦尚未过去，繁杂无比的治理难题便已接踵而至。他们意识到，要让台湾这片土地真正安定下来，融入大明，还有很长、很艰难的路要走。
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