朱载坖对于蜀藩的处罚不能不严重，其实大家都很清楚，蜀藩的这些罪状，多少有些勉强，虽然违制是真，但是谋反是绝对谈不上的。
藩王们都很清楚，蜀王之所以会被严惩，主要就是因为对抗朱载坖的新政，其实这点大家都是心照不宣的，藩王们都很清楚。
而现在朱载坖将朱宣圻留在京师，是教育，实际上就是就蜀王换了个地方圈禁罢了，京师和凤阳又有什么区别呢？
而处理完蜀王之后，朱载坖正式对藩王们下手了，在直隶、山西、河南等北方诸省也开始清丈田亩，朱载坖很清楚，和南方多是士绅不同，在北方的田地主要是被藩王、勋臣、军官们所霸占，清丈田亩的对象也主要是他们。
朱载坖下旨，令各亲王、郡王还有勋臣各自上报自己的家中的田地，朱载坖在上谕中的很清楚，亲王之国后，通过朝廷钦赐或者主动请乞，诸王皆拥有一定数量的田地或湖泊。这些都是合法的，朱载坖也不至于要将藩王们赶尽杀绝，所有的土地都要起科，这也不现实。
只要是朝廷或者先帝们赐予的，朱载坖在核实上谕之后，一律予以承认，这些土地是不用交税的，朱载坖要清丈的是他们违法投献或者直接侵占的土地，这些都是直接损害朝廷的利益，朱载坖不能容忍。
所以朱载坖令翰林院在起草诏书的时候特地明此事，在上谕中称：“诸卿欲得一乡田土与庶子耕牧，朕不吝惜，但于民无损，于礼无违， 足为朝廷经久通行之法可也。然乡民所赖以足衣食，朝廷所承以租税，稽之祖训， 亦无拨赐田地之例。朕不欲卿等违祖训而损贤德。”
朱载坖要求各家藩王等清查自己所有的土地，自行清退投献的侵占的土地，同时责令司礼监、翰林院、户部查询档案，将藩王、勋臣钦赐、奏讨、祈请的土地数量一家一家弄清楚，然后以州府为单位，发给地方官府，作为清丈田亩的依据。
同时朱载坖要要求清丈绝嗣、除国藩王的土地，还有王府护卫遗留屯田，这些之前都被朝廷给忽略了，朱载坖现在当然不会忽略这些，要求将这些都纳入清丈田亩的范围。
还有就是藩王们装填租税的问题，这些藩王们对于手下人约束不利，往往使得他们借机对百姓征收高额的田租，使得百姓们苦不堪言，如山东的德王，庄田夏地每亩折收银七分四厘，秋地每亩折银五分，征收过高，百姓贫苦，朱载坖在诏书中要求藩王、勋臣的庄田田租，不允许他们的田租超过官田的赋税。
朱载坖明确告知他们，如若发现他们横征暴敛，就会禁止王府、勋臣管理庄田，由有司代管，而一旦有朝廷接管他们的庄田，那么赋税就是一定的，按照朝廷的规定，佃户照原定则例将该纳子粒每亩征银三分，送赴本管州县上纳，令各该人员关领，不许自行收受。
除了清丈田亩之外，朱载坖另一个要做的事情就是禁止这些藩王、宗室、勋臣们染指盐政和商税，朱载坖就此事还专门下达诏书，朱载坖认为，盐政乃国之命脉，百姓赖以求生，九边赖以资军，朝廷赖以取税，故盐政之重，倍于他务。各王府、宗室、勋戚，不准擅支食盐，占引窝本，更不准贩运私盐，违者严惩。
之前为了补贴宗禄，赐予各藩王的盐引，全部废除，各藩王所用食盐，就近支给，亲王每年五百引，郡王三百引，各按等级支取，不准祈请、奏讨盐引，违者必置之重典。各处的盐池、盐场，都是朝廷命脉，不许抢占盐池、盐场，役使盐丁等。
还有就是商税的问题，在国初的时候，由于一些藩王的奏讨，将部分的课税司划归藩王，这个也被朱载坖所禁止了，所有的课税司和收取商税的衙门都必须统一由提督钞关衙门管理，所收取的商税都要解运太仓，凡是胆敢私自收取关税的，以谋反论处。
朱载坖剥夺了藩王和勋臣们这么多的特权，当然也要对他们照顾一二，以安抚他们的情绪。朱载坖在和户部、地方抚按商量之后，颁布了新的宗禄条例。
在宗禄条例中，明确规定将宗禄的发放纳入地方官员的考成中，凡是拖欠宗禄的，一律不予升迁，要保障宗禄按时、足额发放，同时在地方出现灾荒的时候，可以直接向朝廷申请，有朝廷拨付宗禄，总之就是之后的宗禄是有保障的。而对于宗禄压力最大的河南、山西两省，朱载坖在和地方官商量之后，决定这两省的宗禄由朝廷和地方州县共同分担。
从地方留存中出五成，朝廷太仓以京运银的形式在支付五成，保证这两省的藩王宗禄能够按时、足额发放。
而对于拖欠宗禄，朱载坖也明确告知藩王们，嗣后再有拖欠宗禄的情形，可以直接向朱载坖陈奏，也可以向巡按御史陈奏，巡按御史获知此事后，必须立即调查，责令州县足额支付宗禄。
当然除了上谕和条例之外，更重要的派遣官员去督促清丈田亩的事情，朱载坖很清楚，这些藩王、勋臣们可不是什么省油的灯，要他们心甘情愿的将土地交出来是绝无可能的，所以必须要派遣能臣干吏，督促此事，而朱载坖想到的人选就是大明神剑了。
朱载坖下达命令，原右副都御史巡抚顺海瑞，升右都御史，巡抚顺、山西、河南，专督清丈田亩，为了加强海瑞的权力，使之能够对付这些宗室、勋臣们，朱载坖赐海瑞王命旗牌、子剑、金令箭，给锦衣校尉充巡抚标营，有不法者，即行治理，再奏闻京师即可。
同时令海瑞代巡狩，整饬吏治，州县官吏有不称职者，许便宜行事！
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