朱载坖认为，要由朝廷来确定总督、巡抚衙门的的内设机构和执掌，同时派遣朝廷官员和经制吏员到督抚的衙署中，同时总督和巡抚各有侧重。
巡抚的主要职责是安定地方，协调布按等地方衙门办公，在战时保证军储、军需，在必要时候指挥卫所官军负责城防、边防等事项，总的来巡抚的职权是负责地方行政、司法和监察事务的高级文官，负责对于辖区的政务、钱粮、刑名、边防等进行管理，仅仅赋予有限的军事权力。
而总督则是倾向于军务的官员，总督负责总领辖区军务，统帅辖区内水陆官军，制定战守征伐之策，平时负责督促水陆官军训练，监察各级军官是否称职，各路官军军器装备是否完好，督运军饷、军粮等事，在战时，总督负责与提督一道制定战守之策，负责战役策划，提督、总兵负责具体实施，同时在战时总督总管辖区事务，督促巡抚等官员转运粮饷，供应军需，检查军功，执行朝廷的命令。
总的来，巡抚负责行政、后勤，而总督则专注于军务，在战时则是地方最高长官，但是在平时一般不干涉巡抚行政。
朱载坖和重臣们之所以做这个安排，其实也是为了平衡督抚之间的关系，之前大明的督抚经常有互相攻讦的事情，原因就是督抚之间的职权重叠，为了争夺权力，往往互相倾轧。
按照朝廷的设置，总督负责地方军事，而巡抚则专管民政，两者职权存在重叠。这制度初衷是为了防止地方官员自重，避免他们成为“土皇帝”。然而，由于职权交叉，总督与巡抚之间常常摩擦不断，引发官员内斗的风险。
朱载坖在和重臣们商量了之后认为，还是要在督抚之间搞平衡，虽然朝廷要尽可能的厘清督抚之间的权责，但是同时也要使得督抚之间大相制，内外相维，互相之间形成制约，而在战时，又必须要保证总督的绝对权威，保证战事的顺利进校
所以经过朱载坖和重臣们的商量，决定巡抚的职权主要是宣布德意，抚安齐民，修明政刑，兴革利弊，考核群吏，会总督以昭废置，而总督的职权是厘治军民，综制文武，察举官吏，修饰封疆，以定战守。
虽然总督和巡抚都是地方大员，而且总督和巡抚同时具备单独奏表的权力，在处理地方事务时，既各有侧重即权力分置，又在很多层面上有交叉和协作即权力重叠，只有这样的办法，才能够保证这种权力格局在实际运行中既造成督抚之间的掣肘之势，又能够有效的处理政务军务，保证行政效率，也要兼顾制衡。
以这个思维为主导，朱载坖要求重臣们制定督抚衙门的架构和内设官员，主要的问题就是既要保证督抚们拥有足够的权力，以统帅大军，安定地方，又要防止地方出现藩镇化的倾向，所以在这个制度下，督抚之争是必然的，但是又必须是可控的。
首先要进行规划的就是巡抚衙门的设置，作为一省的最高长官，巡抚衙门当然是最重要的机构了，巡抚衙门要总览一省的大庶务，同时还承担着监察通省官员的重任，所以对于巡抚衙门的重要性，朱载坖是很清楚了，之前直接按照朝廷六部设立六房的办法确实是有一些合理性，但是这样并不能够体现巡抚的重要性。
要想规划巡抚衙门的下属衙门和属官，就要先理清朝廷各部院和巡抚的关系，因为在实际的政务处理过程中，巡抚和部院发生冲突龃龉的事情是很多的，首辅张居正就道：“陛下，夫各部用其权，以裁制督抚，若不量地方之情势，则善政几不得举行; 督抚张其权，而轻视各部，又破坏一部之机关，而政令几同于虚设;彼此之姐龋尚，而事机之贻误实多。”
这点确实是朱载坖要考虑的事情，张居正认为：“诚宜明定职权，划分限制，以某项属之各部，虽疆吏亦必奉行; 以某项属之督抚，虽部臣不能掺越; 如此则部臣疆吏于其权限内应行之事，无所用其推诱，于其权限外侵秩之事，无所施其阻挠，庶政策不致分歧，而精神自能统一矣。”
张居正的这个观点，确实是能够解决部分问题，使得部院和巡抚的矛盾减少，但是部院和巡抚还有一个重要的矛盾，就是对于地方监司的管理问题，部院一般是不会干预地方府州县行政的，但是部院常常绕过巡抚直接给地方监司下达命令，这确实是激化巡抚和部院矛盾的一件事情。
因为在部院看来，巡抚并不是朝廷经制之官，而是钦差，真正朝廷的经制之官，是布按两司，部院往往直接绕过巡抚下令，被巡抚认为是干扰地方行政。虽然现在虽然督抚权力扩张，布、按二司即已被确定为督抚属吏，但布政司在财政事务上须直接对户部负责，不必通过督抚。按察使司也必须对刑部负责，所以很多时候部院和巡抚也存在很大的矛盾。
一些强势的巡抚们就认为：“国家设官，内外各有责成，各部司员，受成于堂官，而不得径行之于疆吏。各省僚佐，察承于班吏，而不能径达于部曹，此内外之权限也。如部臣以疆吏为不足问，而与司道直接，则疆吏为虚设。”
他们认为部院越过巡抚直接干涉布按二司，使得巡抚、总督这样的封疆大吏无法有效行使职权，但是部院又认为布按二司在具体政务上是要对部院负责的，所以部院直接给布按二司下达命令也是合情合理的，双方为此争执不休。
这个问题现在也摆到了朱载坖的面前，朱载坖必须首先解决这个问题，才能够推动后面的改革。
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