朱载坖自己也多次思考这个问题，从效率上来，确实是应该设立一个如同内阁的最高军令机关，来负责军务的处理，这点也是非常之重要的，加强朝廷对于官军的控制，提高反应速度等，但是具体应该怎么改革，这是朱载坖所要考虑的，兵权一向是非常之敏感的事情，一个处理不好，就会导致大的变乱，所以私下里多次召见重臣们，还有勋臣大将们，同时也通过密疏和地方的督抚、提督等重臣们交流，讨论现在制度的优劣。
对于现行制度，内阁是很满意的，因为虽然朱载坖以形式上剥夺了内阁的军事权力，但是内阁辅臣还是参赞军务大臣，在军事上还是有发言权的，同时兵部也可以通过军政机关的职能对于五军都督府和练兵军务处予以制衡，虽然朱载坖一直着力提升五军都督府的权力和地位，但是在实际的操作过程中，兵部的积威还是很重的，毕竟这么多年以来所形成的积威不是一时半会可以纠正过来的。
兵部在很大程度是仍旧能够对于军务有发言权，而且卫所官军和镇协官军毕竟是两个系统，也就意味着官军是有两套指挥系统的，对于地方来还是比较麻烦，地方督抚对于卫所官军还是相对比较好控制的，但是镇协官军则相对不太好控制，因为现在这些提督们实权极重，同时有密疏上陈的权力，督抚要是威望不够的话，很难驾驭这些提督总兵们。
这点朱载坖也注意到了，骄兵悍将不是朱载坖想要的，朱载坖所想要的是一个高效、简洁而又安全的军事指挥体制，这点三个要求都很重要，指挥机关必须高效，要能够迅速作出反应，这点是极为重要的，战场形式瞬息万变，对于朝廷来，军令机关必须迅速、准确的做出反应，为皇帝和朝廷决策提供依据。
简洁也就是为了保证高效，叠床架屋的设计必然导致指挥迟缓，对于作战来是大忌，安全的重要性就自不待言了，涉及到军务，这自然是极为重要的，外防藩镇，内控京畿，这是保证安全的重要因素，这点是朱载坖必须要考虑的，如何平衡这其中的各种因素，是朱载坖所必须要考虑的。
朱载坖和太子也长谈了这个问题，朱翊釴也同样认为五军都督府和练兵军务处并立的局面不利于掌握官军，应该设立一个专门机构和兵部一道分掌军政、军令，朱载坖也认为应当如此，但是在朱载坖整顿军令机关之前，朱载坖首先是要整顿的是京畿兵防。
京畿兵防分为内外两重，外防主要由直隶总督负责，直隶总督下辖蓟镇、昌平镇、真保镇三镇官军，负责守卫内边，拱卫京师，是京畿外围兵防的主要组成部分，而京畿内兵防则就相对比较复杂了，主要由京营、亲军诸卫、禁兵、锦衣亲军还有刑部管理的京师警巡院所负责。
锦衣亲军和京师警巡院所负责的主要是情报、侦缉和京师的治安维护，而兵防则主要由京营、亲军诸卫和御马监禁兵所组成，其中京营由勋臣提督，亲军诸卫则由朱载坖所信重的大将提督，御马监禁兵则由内庭太监所掌握，还有直接负责宫禁的侍卫处，主要由勋臣子弟们所组成，这样就形成了一个互相制衡的京畿兵防体制，能够保证朝廷和皇帝的安全。
而朱载坖则是要对京师兵防的权责予以划分，同时将太子幼军和皇太孙幼军也调入京师之中，以备不测，当然皇太子幼军和皇太孙幼军只能屯驻外城，为内城和宫城的守卫则是由锦衣亲军、禁兵所负责的，在区分好京师兵防的职权之后，朱载坖开始整顿军令系统了。
朱载坖下达诏书，将原练兵军务处予以裁撤，在练兵军务处的基础上设立办理军机事务处，即所谓军机处，直接对皇帝负责，承担大明最高军令机关的职能，军机处的品级和内阁一样是大明唯二的从一品衙门，朱载坖命令礼部铸给军机处关防，由军机处行使军令机关之后，嗣后除京营、亲军诸卫、御马监禁兵等直接由皇帝指挥之外，其余卫所、镇协官军皆受节制，和兵部分掌军令、军政大权。
军机处不仅仅是大明的最高军令机关，也是皇帝的军事顾问机构，和内阁一样是侍从官署，所以军机处的办事地点在宫内，以武英殿作为军机处的办公场所，由于朱载坖现在长居西苑，所以军机处和内阁一样，在西苑设立值房，轮流值守。
军机处下辖机构主要有：五军都督府负责管理卫所官军；
水师总署，负责管理大明水师；
船政总署，负责管理大明造船事务；
粮饷营房总署，负责后勤保障；
督练清军总署，负责核实军籍、训练监察等事务；
参谋军务总署，负责为皇帝提供参谋业务，制定作战计划、方略等，还有官军各部的调度等；
军器装备总署，负责检查军器监所生产的军器质量，制定军器换装、配发规划，向军器监提供反馈，更新军器装备等；
屯政军储总署，负责管理卫所官军的军屯、籽粒和军储事宜，与兵部、司农院共同处理军储问题；
测绘舆图总署，负责舆图、海图等的测绘、更新的事务；
卫尉寺，负责军法审判等职能；
军学总署，负责管理大明的各级军事学校。
这样一来，军机处的职权也就非常之重了，对于大明官军来，军机处基本上可以负责所有的军令事务，对于官军的指挥作战和训练监察都是有很大的职权，而和内阁一样，军机处一样实施多人领导，朱载坖下旨，以李成梁、俞咨皋为领班军机大臣，申时孝王锡爵、罗万化 、梁梦龙、徐渭、方逢时、张元功、马栋、谭国佐、李和等为军机大臣，同时从各部院和军中抽调精干官员，充任军机参赞，和内阁一样，军机处有官无吏，所以事务都是有军机大臣和军机参赞办理，防止泄密。
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