这样的话，皇帝就在内阁和部院权力之争中处于一个比较有优势的地位了，同时通过密疏、厂卫和庭寄制度，皇帝和朝廷都扩展的耳目，通过各种渠道来加强朝廷的信息收集能力，这点对于决策的是极为重要的。
而接下来的问题就是庭寄的层级问题的，庭寄本质上还是一种非常规的朝廷文书，对于朝廷来，庭寄其实是越过了朝廷的原本的行政层级，直接由内阁或者是皇帝越过部院甚至是地方督抚、布按二司直接处理政务，所以朝廷必须控制好庭寄的层级，既要保证朝廷的政令和耳目，也要维护朝廷的行政层级，这点是极为重要的。
所以朱载坖在和内阁商量之后，还是确定了庭寄的对象，在文官方面，庭寄的对象主要是朝廷重点府的知府和督抚、巡按御史、户部等部院的分司、盐政、海关、税务等衙门的分司，通过他们了解基层政务的运行和地方情况，同时对于朝廷所实现的各种政策予以调整，同时直接干预部分的紧要政务。
同时规定有权利用庭寄向内阁反映相关事项的官员，不得滥用庭寄，除非紧急或者是机要之事，一般政务不得通过庭寄送达，违者一律罢黜。同时对于朝廷通过庭寄所安排的事项，一样要实行考成，而且是由内阁亲自负责实施，如果无法完成的，由内阁直接予以题参罢黜，通过这种形式，保证内阁在朝廷行政机构中中枢地位，这点还是非常之重要的。
而在军务系统，相对就比较简单的，凡游击以上都可以直接向军机处以庭寄的形式陈奏机要事务，除此之外，宪兵都司作为军机处的直属单位，也可以直接向军机处奏报，在朱载坖之前组建军机处的动作中，最低调的就是宪兵都指挥使司，其级别是和各都司抑制，但是其既不受五军都督府管理，也不受参谋军务总署等的指挥，而是直接受军机处和皇帝的指挥。
宪兵都指挥使司其前身是锦衣亲军南镇抚司，南司主掌锦衣卫内部法纪与军匠事务，是执行军纪的军队内保单位，所以朱载坖特地将南司从锦衣亲军中独立出来，成为全面负责大明官军内部纠劾和军纪纠察的专职部队，而锦衣亲军则成为情报侦缉、搜查和诏狱的负责单位，两者都有司法权，但是又互相制约互相牵制，防止厂卫权力过于膨胀。
同时将诏狱的办理权依照祖制归北镇抚司，锦衣亲军现在的主要职能就是侦缉和诏狱，但是诏狱的职能仅在北镇抚司，而非其他的各卫，这是极为重要的，朱载坖还为此事特地下旨：“一应大狱情,俱要严密关防,不许透漏及受人嘱托,本都司堂上官亦不许干预,有故违者,指实奏闻,治以重罪。”
有关诏狱之事，专掌北镇抚司都指挥佥事或者同知直接对皇帝负责，一应诏狱审断结果直接向皇帝奏报，而锦衣亲军都指挥使司及都指挥使则负责侦缉事务，主要是针对间谍、叛逆等重案予以侦缉，直接行使逮捕等权利，不受地方检事御史或者大理分司等司法机构的干预。
而宪兵都指挥使司则是负责军内案件的侦缉和军法纠劾，也就是宪兵都指挥使司是可以对锦衣亲军予以侦查，同时负责对于军内贪墨等不法事的侦查，一经查实之后将人犯送卫尉寺审断。之前由于宪兵都司和锦衣亲军的渊源，往往在很多事情上宪兵都司无法有效开展工作，但是现在朱载坖下旨保障宪兵都司独立行使侦查权，尤其是在军内干犯军法案件，一应由宪兵都司予以调查。
而朱载坖现在最关心的就是核实军籍、军屯等事项了，宪兵都司和锦衣亲军的配置不同，锦衣亲军仅设立五卫，在各省直一般是以千户所的形式存在，因为锦衣亲军主要办理的案件都是逆案等案件，而且锦衣亲军除了公开办案的校尉、缇骑之外，还有大量的暗探存在，他们是不会在公开自己的身份的，同时这些暗探也一般直接由锦衣亲军都指挥使司管理。
而宪兵都司管理和侦缉的对象主要是官军，所以其配置要根据官军的布防而进行配置，在沿边重镇，直接设立宪兵卫所，负责对当地的官军进行纠劾，而在腹里驻军较少的省直，则是配置一个千户所即可，和锦衣亲军基本不承担军事任务不同，宪兵都司仍旧要承担军事任务，所以员额更大，所装备的军器也更加接近官军，还拥有直属骑兵等。
朱载坖在隆庆二十七年以开年就大规模推动改革，这是很多官员没有想到的，因为之前朱载坖已经在西苑静摄许久了，一应政务都是太子在处理，这次朱载坖亲自出马，部署一系列的改革措施，使得朝廷都感觉到了一股不寻常的味道，尤其是内阁辅臣们，他们都是老狐狸了，对于眼下这种不寻常的局面自然是很清楚的。
之前太子所推动的改革遭遇阻力，辅臣们原本以为朱载坖会优先处理此事，但是朱载坖并没有处理此事，甚至提都没有提这事，这就让辅臣们有些奇怪了，不过辅臣们也很清楚，朱载坖一向是谋定后动的人，等到朱载坖要动手的时候，绝对是杀招了。
朱载坖在正月二十日突然通过军机处下达命令，任命曹国公李言恭为提督两广水陆军务事兼宪兵都指挥佥事，赶赴两广，清理两广卫所、镇协官军军籍、军屯。李言恭领命之后，即率领大批宪兵和锦衣校尉南下，这事当即在朝廷之上引起议论了。
朝廷历来清军，重点都是在两京和九边，因为这里是朝廷重兵部署的地方，这次朱载坖却突然命令曹国公李言恭出镇两广，而且明确授予清军大权，其实就是为了整顿两广军务，先保证两广官军的忠诚，这点是极为重要的。
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